紫霞《传奇三国》药园跑商系统是游戏中较为重要的一个赚钱系统，玩家可以通过扩张药园大面积分播种药草，再通过收获药草后进行跑商来进行赚钱。玩家可点击游戏主界面中右上角的功能图标“药园”进入。
药园初始等级为1，默认拥有1块土地，玩家可对药园进行升级来购买土地，提升拥有土地的数量。升级药园受玩家官职的限制，同时设定有升级冷却时间，等级越高冷却时间越长。
另外，药园等级也限制了药草种子的等级品质，药园等级越高可播种的药草品质越好。
药草的收益除了与种子品质高低有关之外，还与药园聘请的药师有很大的联系。药师按效果可划分为九类，即小概率产量翻倍、大概率产量翻倍、小概率种值冷却时间减半、大概率种值冷却时间减半、小概率增加额外铜钱收入、大概率增加额外铜钱收入、小概率获得稀有品种、大概率获得稀有品种、额外获得元宝。
收益的药草会进入到商队包裹，玩家可对收获的药草进行跑商的操作。跑商过程中会被其他人打劫，被打劫成功后会损失一定的铜钱。当然，跑商过程中的玩家也可以对其他在跑商的玩家进行打劫的操作。
